醫療保險通常會訂明索償期限，一般為求醫／出院後的30至90天內。由於保險公司有權拒絕處理超過索償期限的申請，受保人必須在索償期限內向保險公司提出索償申請，並遞交相關證明文件。
部分保險公司會提供預先批核服務，由保險公司直接向醫療機構繳付費用，受保人毋須於出院時繳費。如欲申請此項服務，受保人須於入院前的指定工作天內向保險公司提出申請，並帶同由該保險公司發出的「初步保障審核確認／付款保證信」辦理入院手續。不過，投保人要注意，保險公司提供的預先批核服務及賠償金額屬評估性質，與最終的實際醫療費用或有差異，賠償金額會以最終理賠為準。如有疑問，應向相關保險公司查詢。
當申索賠償額較低的醫療開支，例如門診治療時，一般只需要提交索償表格、收據及轉介信（如適用）的正本。部分保險公司亦會容許受保人以電子方式提交申請。如需申索住院的醫療開支，一般而言，必須提交以下文件：
假如需要向兩間或以上的保險公司索償，受保人入院時須請主診醫生分別填寫不同保險公司的索償表格，並請醫院在不同表格上蓋章。當向第一間保險公司索償時，亦須向該保險公司要求取回收據正本或其核實副本，才可憑該收據正本或核實副本向另一間保險公司索償。
不少人對保單上的「醫療需要」條款存在誤解，以為只要經醫生轉介，便可以向保險公司申索住院賠償。事實上，保單條款上的「醫療需要」，並非單純取決於有關住院是否由醫生推薦。不同保險公司對於「醫療需要」的闡釋或有不同，但大致上都會考慮該病情是否危急、住院是否屬緊急性質或具迫切性、住院是否為了進行醫療上必須的治療或手術、有關治療可否於門診處理、是否在不住院的情況下難以進行、住院是否純粹為了檢查徵狀或病徵而不作治療等。
換言之，若有關治療可以在門診進行，或者住院期間沒有接受任何治療，保險公司便有可能拒絕住院賠償。為免失去預算，受保人接受非緊急的住院服務前，應該先向保險公司了解清楚其保單的保障範圍與不保項目。
不同醫療機構或醫生就治療相同疾病的收費，可能有明顯差別。保險公司處理醫療索償申請時，會以「合理及慣常」的醫療費用作為審批原則。一般而言，保險公司會參考各私家醫院、醫療機構、醫療報告及索償數據等資料去釐定賠償額。換言之，假如索償金額超出「合理及慣常」的醫療費用，保險公司未必會全數賠償，受保人便需要自行支付超出賠償額的開支。 為免在索償時出現爭拗，受保人在接受醫療服務前，不妨先比較不同機構或醫生提供相同治療服務的收費，或直接向保險公司查詢該收費是否合理。
以上內容僅供參考，個別醫療保險計劃的保障範圍、賠償方式、賠償額及保費等，均以個別保單的條款為準。